Der Miltenberger Franziskanerkonvent wurde 1630 gegründet. Die ersten Jahrzehnte waren überschattet von Krieg und Pest. Nach provisorischen Unterbringungen der Mönche entstand 1660 – 1662 das Kloster mit Kapelle in der Äußeren Vorstadt – heute die Stadtmitte – und 1667 begann der Bau der Klosterkirche. Architekt war der aus Italien stammende spätere fürstbischöflich-würzburgische Hofbaumeister Antonio Petrini. Nach Fertigstellung des Langhauses 1679 folgte 1688 der Chor. Im selben Jahr wurde die Kirche geweiht, damals mit dem Patrozinium Mariä Himmelfahrt. Bis 1705 kam eine reiche Ausstattung in die Kirche, darunter die Orgel von dem konventsangehörigen Orgelbauer P. Adam Öhninger (1681). 1707 wurde die bis dahin flach gedeckte Kirche eingewölbt.