1897 wurde die evangelische Kirche in Miltenberg geweiht. Damals gab es 400 Gemeindeglieder, heute sind es über 2000.
Erst 1979 bekam die Kirche ihren Namen: Johanneskirche. Dieser Name bringt die ökumenische Verbundenheit mit der katholischen Pfarrgemeinde St. Jakobus zum Ausdruck. Die beiden Jünger Jakobus und Johannes sind Brüder.
1896 konnten drei Glocken auf dem Turm montiert werden.
1942 wurden die beiden großen Glocken für die Herstellung von Kanonen abgeholt und eingeschmolzen. Drei neue Glocken „Glaube“, Hoffnung“ und „Liebe“ erhielten 1954 die Töne gis‘, ais‘ und cis‘. Die Glocken der katholischen Pfarrkirche wurden damals auch neu angeschafft und harmonisch mit denen der Johanneskirche abgestimmt.