Die Grafen von Comburg-Rothenburg stifteten um 1078 ein der Diözese Würzburg unterstehendes Benediktinerkloster an der Stelle ihrer Burg, in das einer der Gründer, Graf Burkhard, als Mönch eintrat. Die ersten Mönche kamen aus Brauweiler im Rheinland, doch zwischen 1086 und 1088 wurde ein Mönch aus Hirsau zum Abt berufen, so dass Comburg ab diesem Zeitpunkt zu den Klöstern der Hirsauer Reform zählt. Neben der Grafenfamilie unterstützten auch deren Verwandte und Nachbarn die Gründung. Der Mainzer Ministeriale Wignand stiftete dem Kloster so große Besitzungen, dass er als weiterer Klosterstifter angesehen wurde.
Nach einer auch an zahlreichen Bauten abzulesenden Blütezeit kam es im 13. Jahrhundert zu einem Niedergang des Klosters, der 1326 zum wirtschaftlichen Zusammenbruch führte. Hinzu kamen innere Spannungen und Streitigkeiten zwischen Abt und Konvent um die Nutzung der Klostergüter. In der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts besserte sich die Lage wieder. Die wirtschaftliche Gesundung ging jedoch einher mit einer Aufweichung der Ordensregeln.
Die Schutzvogtei lag bis zu deren Aussterben bei der Stifterfamilie, fiel 1138 an die Staufer und wurde 1254 von den Schenken von Limpurg beansprucht; das Kloster konnte diesen Anspruch jedoch abwehren und blieb weiter unter königlicher Vogtei, die Ludwig der Bayer 1318/1319 an die Reichsstadt Schwäbisch Hall übertrug. 1484 fiel die Vogtei als Reichslehen an den Bischof von Würzburg, der die Schenken von Limpurg als Untervögte einsetzte.